Ko iz reke nastane akumulacijsko jezero, voda poplavi vse raznolike rečne in obrežne habitate: na primer ribja drstišča,1,2 prodišča, kjer gnezdijo rečne ptice, stranske rokave, kjer se ribe lahko drstijo in prehranjujejo,3,4 brzice, ki bogatijo vodo s kisikom, plitvine, kjer se zadržujejo polži, školjke in vodni nevretenčarji,3,5 in tudi izlivne dele rečnih pritokov.
Ob gradnji hidroelektrarn je potrebno regulirati rečno strugo in utrditi brežine, kar pomeni uničenje rečnih obrežij in obvodne vegetacije. Odsotnost dreves in grmovja na brežinah pomeni, da ni sence in skrivališč za vodne živali, brežine pa so dodatno izpostavljene zaraščanju invazivnih tujerodnih vrst rastlin.
Zaradi regulacije struge in toka je reka odrezana od svojih poplavnih ravnic, gozdov in močvirij.6 S tem so tovrstni habitati močno zmanjšani ali uničeni.6 Z njimi izgubimo tudi naravne blažilce poplav.
Močno se spremenijo naravni rečni pretoki. Pretok vode določa, kakšen bo rečni prostor in katere vrste bodo v njem lahko živele.2 Porušenje naravnih pretokov v reki ima zato na rečne prebivalce in celoten ekosistem zelo velik vpliv.
Velikega žagarja, ki ima tu večji del slovenske gnezditvene populacije, v velikem številu tudi prezimuje. Malega martinca in malega deževnika, ki živita samo še na redkih preostalih prodiščih. Vodomca in breguljke, ki gnezdita v peščenih stenah ob reki, ki jih ta ustvarja predvsem ob višjih vodah.
